Năm 1592, thời chiến tranh Lê-Mạc, quân Nam triều (nhà Lê trung hưng) do Trịnh Tùng chỉ huy tiến ra bắc đánh chiếm Thăng Long. Vua nhà Mạc là Mạc Mậu Hợp bị bắt và bị xử tử. Các quý tộc và quan lại rút về vùng núi Lạng Sơn, Cao Bằng, Thái Nguyên, Tuyên Quang để tiếp tục chống cự. Trong thập niên cuối thế kỷ XVI, một quý tộc nhà Mạc là Mạc Kính Cung khi đó đã tổ chức đắp thành ở núi Vệ Sơn - Đông Kinh. Thành lũy được xây dựng dựa trên địa hình tự nhiên trấn giữ con đường độc đạo qua Lạng Sơn đến Trung Quốc.
Năm 1962, Thành nhà Mạc trở thành một phần của Khu di tích danh thắng Tam Thanh (sau là Nhị-Tam Thanh) được công nhận là di tích lịch sử văn hóa cấp Quốc gia (gồm chùa Tam Thanh, núi Tô Thị, thành nhà Mạc)